Ao longo da sua existência, a AlmaTua tem desenvolvido diversos protocolos que visam assegurar uma atuação articulada com múltiplas entidades da região. Esta cooperação interinstitucional permite reforçar a eficácia das intervenções promovendo respostas mais adequadas, integradas e abrangentes às necessidades da comunidade, em consonância com a missão e os objetivos estratégicos da AlmaTua.